Esta pesquisa teve por objetivo refletir acerca dos conhecimentos construídos por professores de uma escola no Sul da Bahia a partir de uma formação continuada acerca do Ensino de Ciências por Investigação como abordagem didática. O mesmo tem um caráter comparativo, já que, faremos a relação desta pesquisa com outro trabalho no que diz respeito a concepções de três professores sobre essa perspectiva de ensino. Este artigo apresenta analise das concepções dos professores após a formação continuada sobre ENCI na qual utilizamos alguns referencias do ENCI (CARVALHO, 2013, 2007; MUNFORD LIMA, 2007; ZÔMPERO LABURÚ, 2011), após a formação na qual trabalhamos com a sequência Navegação e Meio Ambiente, a partir da atividade do barquinho, fizemos entrevistas com os docentes e percebemos que a concepção dos professores mudaram após a formação. Enfatizamos a importância da formação continuada para que os professores utilizem as novas perspectivas de ensino em sua prática pedagógica.