O objetivo desta pesquisa é analisar a interlocução entre a Educação Indígena, Atendimento Educacional Especializado (AEE) e a pandemia da Covid-19 e refletir sobre os desafios atuais das práticas inclusivas realizadas em escolas indígenas brasileiras. O Brasil é um país pluricultural, multiétnico e multilíngue que ainda não reconheceu integralmente os direitos dos povos indígenas. Por consequência, algumas escolas indígenas não possuem material didático específico para cada povo e língua, não têm espaços físicos apropriados, as aulas são ministradas em locais improvisados, permanece a necessidade de formar o cidadão índio para atuar como docentes e gestores nas escolas, além da precariedade da Educação Especial ofertada aos sujeitos indígenas. O presente estudo consiste em uma pesquisa bibliográfica realizada no período de janeiro a maio de 2021 e teve como procedimentos a coleta de dados e análise documental. A estruturação teórica embasou-se em autores como: Carrara (2020), Tourneau (2019) e Luciano (2006) entre outros. Os resultados indicam que falta efetividade nas políticas públicas da Educação Especial vigentes, pois não suprem as necessidades e especificidades que a Educação Indígena requer e insuficiência de recursos tecnológicos, pedagógicos e professores qualificados nas escolas indígenas, o que dificulta a escolarização do educando indígena com deficiência.